成本核算首先是各科室直接成本的归集，将各科室直接发生的成本直接计入到该科室；然后按照以下顺序进行四级分摊： 
分摊方法 
第一级分摊（公摊费用分摊）： 
公摊费用是指在成本的归集过程中，无法直接归集计入到某个科室的费用，如清洁排污费、绿化费、保安费等。公摊费用根据实际业务属性又区分为直接成本与间接成本两部分，如某科室水电费属于直接成本，绿化费属于间接成本。公摊费用的分摊方法根据不同的成本项目确定不同的分摊方法，根据分摊参数不同。 
项目内容 
人力成本：退职生活费、社会保障费、合同工养老金、离退休人员成本、福利费； 
煤水电费； 
交通费：车辆燃料费、维修费、过路过桥费、保险费等； 
房屋和设备修购基金：房屋折旧、设备折旧； 
房屋修缮、零星工程； 
分摊方法 
人员成本：按人员数量比例分配到各核算中心。 
煤水电费：大用户单独计量，其余按照房屋面积或人员数量分摊到各核算中心。 
交通费：按各核算中心实际使用交通工具工作量进行分摊。 
房屋和设备修购基金：房屋折旧按科室面积分配到核算中心；设备折旧按照不同折旧年限和折旧方法将设备分类后，按照各科室拥有设备占全院同类设备比重分配。 
具体公式 
人员成本：按人员数量比例分摊到各科室 
人员成本 ＝ 科室在职人员数量× 全院应分摊的人员成本 / 全院在职人员数量 
煤水电费：煤水电成本 ＝科室面积×（全院煤水电成本－科室成本）/ （全院面积－科室面积） 
煤水电成本 ＝科室在职人员数量×（全院煤水电成本－科室成本）（全院在职人员数量－科室数量） 
交通费： 
交通工具成本 ＝各科室使用（公里数） × 全院消耗成本（金额）/全院使用（公里数） 
房屋和设备修购基金：房屋修购基金＝科室面积 × 全院房屋修购基金/全院面积 
设备修购基金 ＝科室拥有该类设备总额 × 全院该类设备修购基金/ 全院该类设备总额 
房屋修缮、零星工程：按科室面积分摊 
修缮零星工程成本 ＝ 科室面积 × 全院修缮及零星工程成本/全院面积 
第二级分摊（管理成本分摊）： 
将全院管理类科室成本包括直接计入管理科室成本和公摊费用分摊部分进行分摊。如院长办公室、财务处等管理类科室 
分摊方法：按人员比例分摊 
相关科目成本 ＝科室在职人员数量×全院管理科室相关科目成本/（全院在职人员数量－管理科室人数） 
第三级分摊：（医疗辅助成本分摊） 
将此类科室成本（包括直接计入医疗辅助科室成本、公摊费用分摊部分、管理成本分摊部分之和）进行分摊，分摊科室范围：挂号室、住院处、供应室等。 
医辅服务职能科室、供应室、洗衣房分摊方法：使用医院制定的内部服务价格对照参数(或内部服务量)，本着谁受益谁担负的原则进行分摊（但不向管理类科室及同类别科室分摊）。 
相关科目成本 ＝受益科室接受服务内部价总量（科室受益总量）× 相关科目成本总量/接受服务内部价总量（全院服务总量）  
门诊医辅、住院医辅分摊方法：按照临床科室 床/工作日数量分摊。 
相关科目成本＝ 科室 床/工作日总量 × 相关科目成本总量/（全院床/工作日总量） 
没有工作量的医辅科室分摊按医技科室、直接医疗科室的人数向下分摊。 
第四级分摊（医技科室成本分摊）： 
将医疗技术类科室成本（包括直接计入医疗技术科室成本、公摊费用分摊部分、管理成本分摊部分、医疗辅助科室成本分摊部分之和）进行分摊。 
1.药剂科成本分摊方法按照使用收入支出配比平衡原则 
2.医疗技术检查科室、手术室分摊方法采用收入支出配比平衡原则 
相关科目成本＝各相关科室获取医技收入总量× 相关医技科室相关科目成本总量/相关医技科室总收入  
成本核算的难点 
医院经济管理薄弱，造成核算工作难度大 
在医院管理工作中，往往会出现不能正确处理好经济利益与社会效益两者关系的情况，有只顾经济效益而不讲社会效益的情况，也有重社会效益而轻经济利益的现象。投入不计成本，产出不计效益，这种状况十分明显。由此可见，医院经济管理技能和方法十分匮乏。而医院统计、质量标准化、信息管理和财务管理工作又是开展医院经济管理工作的基础，如果这些基础性工作，如信息归集的标准不统一，数据采集流程不完整，财务管理中缺乏责任会计的功能等，会增加成本核算工作的难度。 
现有医疗定价制度，造成医疗成本的不可比 
我国的卫生事业是政府实行一定福利政策的社会公益事业，因此国家对医疗收费价格实行统一指导价。基于历史原因，目前医疗收费价格制定不合理，特别是在基本医疗服务收费标准方面明显低于成本，这不仅不利于调动广大医务人员的积极性，而且给医院内部控制带来了难度，使得收入与成本不易配比，临床科室的直接成本和间接成本不配比，医疗成本在项目和病种方面不易测算和比较。 
医疗服务的垄断与竞争性，造成了医疗成本不易控制 
医疗服务是一种特殊行业，由于供方—医务人员的专业性和垄断性很强，需方—病人的盲目性和被动性很强，以及医疗服务需求弹性小等特点，使得医疗服务的成本不易控制。按一般经济规律，当供大于求时，价格下降，利润减少，产量下降, 导致供等于求或者少于求，通过市场调节，由此产生价格上升，形成新的平衡。但在医疗活动中，服务量的主动权不在需方，而在供方，供方能够诱导需求。况且，我国医疗服务定价采用按项目定价的方法，使供方能够通过增加服务项目和扩大服务量来弥补项目收入的减少。由于医疗服务价格由政府控制，缺乏市场调整机制，使得供方可以通过盲目扩大服务项目或服务量造成成本超过收入的亏损局面。特别是在现有的市场经济条件下，医院为增强竞争力，努力提高技术水平，注重新设备的引进和使用，如果不能选择适宜技术，不能很好的进行成本核算，那么医院管理者的决策失误不仅会导致医疗服务的亏损，更会造成医疗服务总成本的失控和社会卫生资源利用的不合理。 
医疗服务的复杂性，造成成本核算方法的多样性 
医院是一个复杂的系统，由许多不同科室和各种相关的保障部门组成，每个学科或保障部门因专业不同而使其成本内容和表现方式不同。即使在同一学科，也因对同一疾病的诊断、治疗方式不同，使医疗服务的成本构成有所不同，因此医疗服务成本表现为异常的多样性。正是由于这种成本的多层性和多样性，造成的医院成本分摊的复杂和繁琐，使得医院科室成本核算的方法出现多样性。 
医疗服务的不确定性，造成了医疗成本的多变性 
医疗服务不同于其他行业的生产，它具有很多的不确定性。每一项医疗技术和服务的提供，都会因病人需方对医疗服务的需求时间、选择方式、适应程度、经济承受能力的不同，而使医疗服务的成本有所不同。就同一种疾病对不同病人来说，因其诊治方式、病情程度不同也可使医疗成本发生变化。随着高新技术的投入，它所伴有的高投入、高效益、高风险特性使其成本变化较大、幅度较大。一项新技术的应用可以改变其成本结构，可使效率提高、成本降低，也可能因投入过高使成本增加，这种医疗成本的不确定性，使医院服务成本的测算、分摊和评价更具有复杂性。